肺部真菌感染和肺部霉菌感染有区别。
肺部真菌感染是广义的概念，引起肺部真菌感染的真菌种类有很多，其中包括了由烟曲霉、黄曲霉、毛霉菌等霉菌引起的肺部霉菌感染，故肺部霉菌感染属于肺部真菌感染的一种类型。
肺部真菌感染还包括了由念珠菌和非念珠菌，例如隐球菌等酵母菌引起的肺部真菌感染。此外，肺部真菌感染还包括了由双相型真菌、类真菌等引起的肺部感染。
故发生肺部真菌感染时要完善相应的病原学检查，因不同的真菌感染其治疗和选择的药物上还是有一定的区别，不能混淆一谈。当然，临床上肺部霉菌感染的发病率较高，亦要加强相应的诊治。