卵巢巧克力囊肿在育龄期的患者，确实是只能做手术治疗，才能彻底去掉，并不是用药物治疗就能够有效清除。
但是也有的患者，通过吃药可以控制病灶的发展，会对病灶有一定的缩小作用。如果巧克力囊肿的患者年龄已经比较大，接近绝经，而且巧克力囊肿病灶体积比较小的情况。
也有的人是可以等到绝经之后，雌激素不分泌之后，也有的病灶就会进行性的缩小，可以萎缩到消失。因为这本来就是属于雌激素依赖性疾病，所以主要是和雌激素的分泌量有关。