小儿患有肛周脓肿，尽量采取保守治疗，如服用抗菌药物，局部使用消炎止痛的药膏，使肛周脓肿的炎症减轻，病情逐渐缓解，有的会逐渐治愈。
如果小儿的肛周脓肿感染症状很严重，肛周肿块红肿，疼痛剧烈，同时还伴有畏寒、发热、排便困难等症状。
这时可行肛周脓肿切开引流术，将脓液充分引流出来后，孩子发热、畏寒、排便困难的症状就会消失。如果形成肛瘘后，在可以承受手术时再进行肛瘘根治术，一般需要7岁左右。