小儿的肛周脓肿，主要就是使用一些抗生素药物进行局部的涂抹。必要的时候还可以使用抗生素药物进行口服，比较常用的有阿奇霉素、头孢类的抗生素药物。
另外，小儿的肛周脓肿局部还可以使用一些中药进行坐浴。保持局部的清洁，还可以起到消肿、止疼以及清热利湿的作用。另外，还可以使用复方黄柏涂剂，或者是康复新液进行肛门局部的湿敷。同时还可以涂抹红霉素软膏等药物，进行对症的治疗。
小儿发生肛周脓肿，往往都是由于腹泻所引起。所以有腹泻存在的情况下，也要合理地使用一些止泻的药物，比如可以口服蒙脱石散等药物进行对症治疗。