心肌炎手术治疗主要是心脏扩大，心力衰竭的病人必要时需要安置抗心衰及防猝死的起搏器或心脏移植手术，抗心衰及防猝死的起搏器手术治疗后，可能会出现病人对起搏器无反应，但无特殊的手术后遗症。
心脏移植术后的后遗症主要为移植排斥反应，严重的会导致反复发生的心力衰竭或猝死。普通轻症的心肌炎是无需特殊的手术治疗的，仅需要定期随访心电图、心脏超声、心肌损伤坏死标志物等化验检查即可。
心肌炎除了手术治疗之外，还要保证基本生活方式的改变，避免感染，避免情绪波动及过度劳累，避免长期熬夜，饮食避免进食辛辣刺激的食物，适当的运动以增强心肌收缩力，并配合以相应的抗心律失常，预防心源性猝死及抑制心肌重构的药物治疗。