肠炎的种类有很多，需要针对具体类型以及严重程度选择不同的治疗方案。
溃疡性结肠炎基本用药是氨基水杨酸制剂，比如美沙拉嗪、奥沙拉嗪等；对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的轻中度患者，以及重度溃疡性结肠炎患者，可以用糖皮质激素；对于严重溃疡性结肠炎急性发作，静脉用糖皮质激素治疗无效的患者，可以用环孢素等免疫制剂治疗；如果溃疡性结肠炎并发出血、穿孔、癌变或高度疑似癌变，建议及时手术。
轻度活动期克罗恩病首选美沙拉嗪，中度活动期建议用激素或甲氨蝶呤、硫唑嘌呤等免疫抑制剂。
嗜酸细胞性肠炎，建议首先调整饮食，避免吃导致过敏的食物，症状重时可以用泼尼松、布地奈德等糖皮质激素。
感染性肠炎主要是抗感染治疗，以及对症支持治疗。