支原体感染身体以后危害还是比较大，主要感染机体呼吸系统和泌尿系统，此时可以产生不同的临床症状和危害。
例如感染下呼吸道时，患者可以出现相应的肺炎、支气管炎，可以出现不同程度的咳嗽、畏寒发热等不适，而且患者咳嗽多为刺激性干咳较为剧烈，可影响患者生活和工作质量。对于部分重症支原体肺炎还可以出现明显喘闷不适，甚至导致肺间质改变。
其次，感染人体的泌尿系统，可以出现尿道炎，表现为尿频、尿急、尿痛、发热等，还可以造成相应的交叉感染，部分患者还可能导致其不孕不育，孕妇可出现胎儿畸形。泌尿生殖系统的支原体感染，还可导致患者心理压力。针对支原体感染要予以敏感抗生素治疗以彻底的使其治愈。