胃畸胎瘤无特异性征兆，多为良性肿瘤。常见的症状有腹痛、腹部肿块，随疾病发展，可出现稍进食后腹部不适、左上腹摸到中等大小的硬质包块、腹水、呕吐。
因胃部肿瘤可堵塞进食通道，当肿瘤增大时可引起进食后出现呕吐、呕血或黑便，部分胃畸胎瘤可向胃壁內生长，导致胃黏膜溃疡，引起呕血或黑便、呼吸困难。
胃畸胎瘤破裂大量出血可误呛入气管，导致呼吸困难，如不能及时解除阻塞将危及生命。晚期恶性肿瘤出现消瘦、贫血、发热等恶病质表现及转移灶的对应表现。