中枢性原始神经外胚层肿瘤的后遗症有很多，具体需要根据中枢原始神经外胚层肿瘤生长部位、病情发展程度、治疗效果等方面看。
中枢性原始外胚层肿瘤是一种非常罕见的原始神经外胚层肿瘤，具有多向分化、转移早、侵袭性生长特点。此病如果侵犯中枢神经系统，其后遗症可以是单纯的头痛，也可以是颅内压明显增高，严重影响脑细胞及神经，导致肢体功能障碍、视物障碍、认知功能障碍、吞咽功能障碍、失语等。
中枢性原始神经外胚层肿瘤主要发生于青少年，呈浸润性生长，易沿脑脊液播散和转移，具有恶性程度高，侵袭性强，预后差的特点。