非淋菌性尿道炎，在急性发作期应用有效抗生素及时治疗，一般可以完全治愈，因为非淋菌性尿道炎的治疗方案和淋菌性尿道炎不相同，所以非淋菌性尿道炎的治疗，需要多次应用药物并且检查。
如果患者的临床症状消失了一周以上的时间，并且尿道口无分泌物，尿液澄清，尿常规检查阴性，尿道涂片阴性，并且病原体检查为阴性，此时可认为已经达到了治愈标准。
如果症状消失，但发现病原体检查人为阳性，需继续用药治疗，直至检查为阴性为止。非淋菌性尿道炎要特别注意，有无复发。