非淋球菌性尿道炎，需要针对衣原体、支原体等致病菌，选择敏感抗生素药物消炎治疗。可给以强力霉素、红霉素等药物抗炎治疗，一旦是产生耐药，可更换喹诺酮类药物抗炎治疗。
为了避免非淋球菌尿道炎症状反复发生，需要足够疗程抗炎治疗，被污染的内裤需要煮烫处理。由于该类致病菌具有一定传染性，治疗未愈的情况下，暂不能安排性生活，可避免自身感染症状加重，也可避免被性伴侣感染。
从中医角度考虑，非淋菌性尿道炎属于下焦湿热证，可服用清热解毒、利湿通淋类中药制剂治疗。生活中，禁忌辛辣刺激性的食物，禁忌饮酒。