核磁共振检查最大的优势就是头部神经系统以及血管的检查。所以做得最多的就是头部核磁共振。平扫最常见疾病，脑梗塞，可以发现6个小时之内的新发梗塞。脑出血没有CT敏感，但是吸收期、恢复期却敏感于CT。
脑部血管动脉静脉，都不需要造影剂就可以成像。原理是通过血液在血管中流速测量形成图像，可以发现很多先天性发育畸形、动脉瘤、动静脉畸形、静脉血栓等疾病。
头部脱髓鞘病变、多发硬化、头部占位、周围组织受压情况、听神经瘤、垂体瘤，尤其动态增强垂体扫描，更是能发现微小垂体瘤等。