霉菌性食管炎的治疗主要是及时的应用抗真菌药物进行治疗，可以应用制霉菌素片，或者是氟康唑进行治疗，大多数患者经过及时对症治疗后预后良好，患者的症状都可以及时得到缓解，而且病情能够达到痊愈。
一般进行口服或者是静脉注射抗真菌的药物，会有一定的副作用，为了减少口服或者静脉应用抗真菌药物的副作用，经过胃镜检查确定霉菌性食道炎后，也可以在内镜下，立即喷洒药物来抗真菌治疗，通过表面杀菌作用可以有效去除黏膜表面感染的真菌，而且也不会出现一些严重的副作用。