艾灸的时间过长或者温度过高时，患者皮肤容易起水疱，这种现象常见于刚开始尝试艾灸的患者，以及增加艾灸量的患者。
部分艾灸患者起水疱是因为体内病邪过重，出现水疱，说明邪气被驱除，过去以是否起水疱和水疱的大小，颜色作为衡量患者病情的标准。
不严重的水疱可以让它自然恢复，注意恢复期间不要触碰水疱，避免水疱破裂。比较严重的水疱需要用针刺破，放出水疱中的液体，必要时可以用注射器吸出，再消毒，将伤口用无菌纱布敷上，最好找专业医生进行这一过程，医院的卫生条件也比家里更好。