对于泌尿生殖系真菌病患者一般有两方面病因，一是长期大剂量不正规使用抗生素，二是患者本身免疫和抵抗能力低下。对于真菌本身在正常成人的口腔以及肛门当中都会有，那么一般不会导致患者真菌感染，因为人体本身有一定的抵抗和免疫能力。
如果患者长期大剂量口服抗生素或者静脉滴注抗生素会诱发二重感染也就是导致真菌侵袭身体各器官以及组织，导致泌尿生殖系统的真菌病。同时，如果老年患者存在免疫能力低下，比如长期慢性糖尿病并未得到良好的控制，以及长期使用糖皮质激素或者免疫抑制剂以及有艾滋病或者结核等免疫能力低下的疾病患者，更容易导致真菌感染，这些都是泌尿生殖系真菌病的病因。