如果患者出现腹部不适症状、大便带血、大便形状改变、长期腹痛、腹部有包块等，需要进行肠镜检查。
另外，45岁以上，尤其是有肠癌家族史的人群，需要定期进行肠镜检查，这样可以及早发现病变。甚至，肠道肿瘤在做完手术后吻合口可能有癌症复发，也需要手术后三个月、半年、一年做肠镜检查，然后根据检查情况及病人的情况逐渐延长间隔时间。
肠镜主要是用来帮助临床医生指导诊断和治疗肠道粘膜性疾病，也可以对病变部的组织进行病理活检，确定性质。