汉坦病毒疫苗有副作用，但是它的副作用很轻微，如发热、皮疹、头晕。少数人会在接种后出现注射部位的硬解，轻度的肿胀或者疼痛，但是很快就会被吸收，不需要过分担心。
每一种疫苗都会存在一定的副作用，疫苗在经过漫长的研制到上市的过程，在这其中经历了无数次的实验研究，确认疫苗的安全性，才会应用到普通人的身上。当然，如果被接种者近期有发热或者上呼吸道感染的病史，建议把接种的日期向后推迟。
而有严重的肝肾疾病的病人和慢性的心脑血管疾病的病人，以及对疫苗过敏的人群，这一部分人都不建议接种疫苗，避免出现比较严重的后果。