慢性肠炎一般不会直接变成肠癌，但慢性肠炎会增加肠道息肉的发生概率，而肠道息肉在时间的积累下有可能会恶变而形成肠癌。一般临床统计从肠道息肉发生到恶变形成肠癌，需要10年以上的时间。
慢性肠炎会造成肠道粘膜的损伤，肠道粘膜上皮会持续受到炎症的刺激，使处于平衡状态的肠道粘膜受到破坏而形成肠道息肉。
特别是一些腺瘤性息肉均有可能会发生恶变形成肠癌，其中绒毛状腺瘤的恶变概率是最高的，所以慢性肠炎患者还是应该定期行肠镜检查。