绝大多数的肠瘘都能够治愈。肠瘘的治疗主要可分为保守治疗以及手术治疗，需要根据患者肠瘘的位置、症状的严重程度，以及局部引流是否通畅来采取相应的治疗措施。
对于瘘口比较小、腹部体征不严重，例如没有出现弥漫性的腹膜炎，局部引流通畅的肠瘘患者可以采取用药保守治疗。首先，患者需要禁食，并且通过静脉补充足够的营养，同时使用强效广谱抗生素，控制腹腔的感染，必要时可以局部进行冲洗引流。
而对于瘘口比较大，腹部已经出现弥漫性腹膜炎，导致患者出现高热、畏寒、寒战等全身症状的肠瘘患者需要及时行手术治疗。