肛周脓肿可以进行坐浴，尤其在疾病的早期脓肿较小，及时服用抗生素及局部温水坐浴或者高锰酸钾1/5000比例，每日2-3次，每次30-45分钟，效果尤其明显。
肛周脓肿的治疗，首先要针对病因，比如痔疮、肛窦炎、肛门周围的毛囊炎等、感染性腹泻、溃疡性结肠炎、直肠炎都会引起肛周脓肿还有便秘。
糖尿病患者和年老体弱的患者，对于这些病因要及时治疗感染，控制血糖等。饮食上要多进食粗纤维食物，多食清淡食物、多喝水、多吃水果，改善大便形状。及时清洗肛门，避免粪便刺激肛周脓肿。