肛周脓肿坐浴的药物主要是高锰酸钾和中草药。高锰酸钾具有消炎和杀菌的作用，中草药具有清热解毒、消肿止痛的作用。
肛周脓肿分别用这两种药物进行肛门熏洗、坐浴，可以改善肛周血液循环，促进肛周脓肿的炎症消退，可以缓解肛周红肿和疼痛的症状。每次肛门熏洗坐浴的时间是20分钟左右，每天坐浴2~3次。
用药物进行肛门熏洗、坐浴是肛周脓肿的一种辅助治疗方法，治疗肛周脓肿主要还是进行抗感染治疗。肛周脓肿是肛周的感染性疾病，在肛周局部会出现红肿热痛的症状，可口服或静脉注射抗生素。
如果药物治疗不能控制感染，感染会迅速向深部组织蔓延，形成深部脓肿，会引起发热等全身症状，要及时地进行手术治疗。