亚急性甲状腺炎对于甲状腺的损害主要是表现在病毒可以破坏甲状腺滤泡上皮细胞，可以使甲状腺激素分泌入血，引起甲亢。随着病程的发展，还可以出现甲减，最后恢复到甲状腺功能正常。
甲状腺结构的异常是可以出现甲状腺中度的肿大或者是结节样的肿大，并且常常不对称。甲状腺肿大，可以局限于甲状腺的一部分，累及一侧或者是累及双侧，但是很少侵犯到甲状腺附近的器官。
患者的症状可以有甲状腺的疼痛，而触诊可以触到甲状腺明显的压痛以及有结节。当亚急性甲状腺炎逐渐恢复以后，甲状腺的结节以及肿大可以逐渐的恢复。