当甲状腺癌发展到晚期，常难以治愈。
因为这部分甲状腺癌的病人常常已经伴有远处器官的转移，癌细胞可以转移到脑组织、肺部、肝脏、骨骼等部位形成转移瘤，这就导致晚期的甲状腺癌已经失去了手术根治性切除的机会，在治疗上比较有难度，也使病人难以治愈。
一部分晚期甲状腺癌的病人可以采用碘-131的放射治疗。还有一部分病人在基因检测之后，可以采用靶向治疗。比如，发生了BRAF基因突变的晚期甲状腺癌，可以采用达拉菲尼，联合曲美替尼进行靶向治疗，可以获得生存时间延长。