如果想要鉴别咽后脓肿和咽旁脓肿两种疾病，可以通过患者的临床表现，以及检查结果来判断。
首先，咽后出现脓肿的患者，通常会表现为明显的说话含糊不清、吞咽时的困难，或者是疼痛、呼吸不畅、发出的声音像鸭子叫等表现。而咽旁脓肿的患者，主要是以咽部的疼痛，以及颈部的疼痛，张口或者是头部活动时的运动受限，耳部的放射性疼痛等为主。
其次，咽后脓肿在进行检查时，往往可以观察到在咽后壁有明显的隆起表现，但是咽旁脓肿患者，则是在颈部的颌下区出现有肿胀表现。