消化不良伴随发烧主要是对症对因处理。消化不良伴随发烧主要是因为食积引起的发热，如果目前发烧没有超过38.5℃，主要是多喝水，采用物理降温的方法。并且针对消化不良进行治疗，可以口服消食和胃的药物，例如健胃消食片、保和丸等。
如果存在严重的消化不良，可以口服促胃动力药物，例如吗丁啉、莫沙必利等，促进胃肠道蠕动，帮助消化。
当患者发烧比较严重超过38.5℃，需及时使用退烧药，例如布洛芬混悬液。同时也可以配合物理降温，例如温水擦浴、酒精擦浴等。同时需要完善血常规等相关检查，排除细菌或病毒感染等引起的发热。