肛瘘不能自愈，如不治疗还会反复发作，导致直肠周围脓肿，因此必须手术治疗。
手术治疗方法很多，应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。常用的方法有三类：
1.瘘管切开术。
2.肛瘘挂线疗法。
3.肛瘘切除法。由此三类基本方法不同，进一步衍生出许多其它方法。
肛瘘手术的费用在不同的地方，因医保政策的不同，花费也不同。有的地方医保将肛瘘纳入中医优势病种，报销比例高，患者大约需自费1500到2000元之间。