肛肠息肉分为肿瘤性息肉和非肿瘤性息肉，治疗方法也不相同。
非肿瘤性息肉不会恶变，所以在临床上，以用药保守治疗为主，可以使用中药等等进行调理治疗。而肿瘤性息肉大多都会导致恶变，所以需要行手术切除。
治疗的方法有很多，比如可以行简易治疗，氩气刀治疗，高频电凝圈套器电切术，还有内镜下粘膜剥离术和内镜下粘膜切除术等等。如果不能内镜下切除的比较巨大的息肉，可以开腹行手术切除。一些距离肛门比较近的直肠息肉，也可以经肛门行手术切除。