心源性的脑血栓可以口服华法林抗凝治疗，奥拉西坦、吡拉西坦、胞二磷胆碱脑保护治疗，银杏叶滴丸改善循环，阿司匹林、氯吡格雷抗血小板聚治疗，丁苯酞改善躯体症状和体征。
如果考虑是心房颤动引起心房内栓子脱落引起，如果心室率较快，可以应用胺碘酮、普罗帕酮、美托洛尔控制患者的心率。
严重冠心病、心绞痛、心肌梗死可引起心源性的脑血栓，应用扩冠的药物治疗，常用的有盐酸曲美他嗪、替格瑞洛等，也可以口服银杏叶滴丸、丹参片和三七等。