骨盆直肠窝脓肿在发病初期临床症状可能并不明显，有些患者仅仅表现为肛门直肠坠胀不适、排便时加重。
随即会出现相对明显的胀痛，也会刺激患者出现频繁的便意感。甚至直肠刺激症状，会导致患者出现发热、畏寒、寒战，以及发冷、乏力、纳差等感染的全身症状。由于位置偏高会刺激患者的逼尿肌，导致逼尿肌痉挛而引发排尿困难。
骨盆直肠窝脓肿在患者肛门旁边可有肿胀或者深部压痛，但局部皮肤并没有发红。直肠直诊可触及直肠上端隆起以及触动明显的直肠黏膜。