真菌性鼻窦炎，大多数都需要进行手术治疗。因为一旦有真菌感染侵袭到了鼻窦内，通常就会导致鼻窦内出现明显的真菌病原体以及坏死的病变组织，同时鼻窦的通畅引流就会受到影响。
此时，如果可以在疾病的早期，尽快地进行手术治疗，就可以对鼻窦内存在的真菌性病原体以及病灶等位置进行清除。之后再结合相对应的鼻内冲洗以及抗真菌药物等的治疗，真菌性鼻窦炎通常就会得到良好的治疗效果。
但如果不进行手术治疗，单纯地通过真菌药物来治疗，有可能不能有效地控制真菌感染对鼻窦的破坏。