肠系膜动脉栓塞的病情一旦发现，需要立即对患者进行对症支持治疗，必要时需要尽快手术。
首先需要做的是进行详细的检查，来查明病情的严重程度以及栓塞的位置，通常可以通过肠系膜动脉造影进行检查。如果栓塞的程度尚不严重，需要尽快给予溶栓和抗凝治疗，还需要给予血管扩张剂，常用的药物包括胰高血糖素、罂粟碱等。
大部分肠系膜动脉栓塞的患者，是需要进行手术治疗的，需要尽快解除肠系膜上动脉的栓塞和狭窄，重建血运系统，避免肠坏死的发生，从而提高生存率。