肠系膜动脉血栓只有在患者病情较轻的情况下，才考虑进行溶栓治疗。
可以采用选择性肠系膜动脉插管，使用溶栓药尿激酶持续泵入，4000单位/分钟，直至血栓溶解，同时使用肝素等抗凝药物。等患者病情稳定后，逐渐改为口服华法林，或者利伐沙班等抗凝药物继续治疗，定期复查凝血功能的情况。
也可以通过导管持续泵入罂粟碱扩张血管，使血管再通，改善缺血的症状。还可以用酚妥拉明在肠系膜根部注射，起到扩张血管的作用。如果患者病情紧急，应该选择急诊手术治疗。