克罗恩病与结肠炎的区别很多，首先是病变的范围不同，克罗恩病是呈阶段性和多发性的发展，它可累及病人的回肠以及结肠，但是很少累及病人的直肠。
而结肠炎则以溃疡性结肠炎为例，溃疡性结肠炎主要累及结肠的远端，一般不侵犯小肠，而且结肠炎一般不会有瘘管形成，但是克罗恩病却会有瘘管。
除此之外，结肠炎与克罗恩病的腹泻症状也有不同，结肠炎的腹泻一般表现为水样便、稀便，有时还会出现脓血便和粘液便，而克罗恩病的腹泻一般没有肉眼血便。