对于毒性结节性甲状腺肿的治疗，其实最主要还是要纠正甲亢。甲亢的治疗包括抗甲状腺药物治疗，碘131治疗，还有手术治疗。抗甲状腺药物治疗可以包含有咪唑类的药物和硫脲类的药物，这两个药物都可以，效果也差不多，但是两个药物也有一些共同的不良反应。
另外使用这两种药物，不管是哪一种，都有可能会出现甲亢复发的这种情况。如果出现了甲亢复发，可以继续选择抗甲状腺药物治疗，或者是使用碘131治疗，或者是使用手术治疗。碘131治疗和手术治疗，有部分患者可能会遗留永久性的甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗。
另外，如果毒性结节性甲状腺肿结节比较大，有压迫症状，还可以选择或者是优先选择手术治疗。