咳嗽反复发烧多考虑呼吸道感染性疾病引起，例如常可见于由细菌和或病毒感染下呼吸道引起肺炎的患者，此类患者多伴有不同程度的反复发烧和咳嗽症状。
结核分枝杆菌感染肺部引起的肺结核患者，也常可以出现咳嗽以及反复午后低热的结核中毒症状。部分肺部真菌感染的患者，也可以引起上述症状。
某些非感染性肺部疾病，也可以引起咳嗽反复发烧，例如白血病、淋巴瘤肺部浸润时，某些结缔组织病影响肺部，可形成相应的间质性肺病，此类患者亦可出现反复发烧和咳嗽症状。
引起咳嗽反复发烧的原因有很多，要完善相应的检查特别是肺部CT检查，才能更好地判断其病因。