慢性结膜炎一般没有什么特别的后遗症，很少见有后遗症，但是慢性结膜炎有引起并发症的可能。
若是沙眼衣原体感染导致的慢性结膜炎，这种情况可以导致患者出现眼睑内翻、倒睫、沙眼性角膜溃疡。慢性结膜炎一般临床症状相对急性结膜炎的症状更轻，但其持续时间较长，病程可长达数月，甚至数年之久。
结膜炎慢性充血、溃疡导致结膜血管扩张，引起患者出现眼红、眼睛异物感、灼热感症状。若为沙眼衣原体感染导致，还可以出现流泪、分泌物增多、畏光等症状。