肿瘤标志物的检查方法主要包括，采血化验检查和取肿瘤组织做基因的检查。
这是因为肿瘤标志物主要可以分为两大类，一类是体液肿瘤标志物，这些肿瘤标志物是由肿瘤细胞分泌到血中而被检测到的。主要包括癌胚抗原、糖类抗原153、糖类抗原125、糖类抗原199、神经元特异性烯醇化酶、前列腺特异性抗原、鳞状细胞癌抗原、甲胎蛋白等。
而另一类肿瘤标志物叫做组织细胞肿瘤标志物，主要包括EGFR基因、KRAS基因、ALK融合基因、ERCC1基因、BRCA1和BRCA2基因等。