长时间玩手机头疼的原因，有可能是眼睛的疲劳诱发了头痛、偏头痛、紧张性头痛，或者是高血压、脑供血不足、颈椎病等可能。
长时间玩手机容易导致眼睛的疲劳、眼结膜炎、眼睛及其周围肌肉结缔组织的酸胀不适，有可能会诱发头痛的情况，这种情况也可能会诱发偏头痛、紧张性头痛、丛集性头痛。因为长时间玩手机的时候，注意力高度集中、神经兴奋，就容易诱发这些神经血管性的头痛。
长时间玩手机之后，大脑高度紧张、容易疲劳、脑组织的氧气和能量消耗过快，也会表现为头痛的症状。另外，长时间玩手机，头颈部处于一个固定的强迫姿势，诱发颈肩部的颈椎和肌肉的病变，会诱发头痛、恶心、心慌等不适的表现。