男人小便的时候疼，如果伴有尿急、尿不尽等表现，多考虑可能为泌尿道感染，常见于膀胱炎、尿道炎。这些疾病会造成尿道、膀胱黏膜水肿，甚至严重者还可产生黏膜糜烂。在患者小便时会对水肿、糜烂的黏膜产生刺激，进而引起小便疼痛。
如果小便时疼痛，同时伴有腰痛、小腹部疼痛等表现，多考虑可能为尿道结石所引起。主要是由于结石卡在尿道，对尿道形成刺激，进而出现排尿时有疼痛感。
如果排尿时疼痛，同时伴有肉眼血尿或尿道口滴血等表现，多考虑可能为尿道肿瘤或膀胱肿瘤所引起。主要是由于肿瘤的压迫，导致周围黏膜受损所引起。