先天性食管闭锁患者检查一般用食管镜检查，一般在经口或者经鼻放入食管镜时，在上段食管盲端处，即可能受阻不能通入胃内，并且可以看到封闭的食管盲端。
另外还可以经导管向胃内注入少量水溶性的碘造影剂，一般可以判断食管闭锁的位置，并可以判断食管与气管之间有无瘘道形成。
食管造影之前要进行腹部X线检查，如果胃肠道内含有大量气体，说明食管与气管相通，此时食管造影切忌应用钡剂，避免导致钡肺。建议有相关症状的患者及时到医院就诊。