基底凹陷症，常见的原因是由于神经系统发育异常所致，可导致小脑功能出现变化，引起眼球震颤、出现行走不稳、说话不清楚、闭目难立等症状。可以引起椎动脉血供障碍，导致发作性眩晕、恶心呕吐、四肢瘫痪或者球麻痹等症状。可以引起颅内压升高，导致头痛、恶心、呕吐或者视乳头水肿。
严重的时候会导致枕骨大孔疝，出现意识障碍，甚至引起呼吸骤停或者心跳骤停而导致死亡。
有一部分患者有存在颈部神经根刺激反应，可以导致单侧肢体麻木或者肌肉萎缩，有可能会导致感觉减退或者颈部活动受限。