胃憩室主要依据胃镜及X线钡餐造影检查确诊，目前最常用的是胃镜检查。进行胃镜检查时不但能够确定胃憩室，而且还可以观察到胃黏膜内是否有其他病变存在。但是有些患者不宜进行胃镜检查，这个时候可以选择X线钡餐造影检查，这种检查项目相对于胃镜有一定的局限性，而且也不能够取组织活检。
一般胃憩室的患者还需要与胃溃疡、胃癌等疾病进行相鉴别，多是因为这些疾病所出现的症状与胃憩室症状基本上相似，不进行全面的检查很有可能会误诊。