新冠病毒核酸检测的原理是采用荧光定量RT-PCR的方法，检测新型冠状病毒核酸。
患者取鼻咽部、口咽部、痰、下呼吸道抽取物等标本，存放于专门的保存盒中。首先要提取其中的RNA，提取过后要对RNA和反应体系进行配置，之后将配置好的反应体系放入PCR仪器中。
在PCR仪检测的过程中，如果这份标本是含有新型冠状病毒的，会合成DNA，仪器会检测到荧光信号，会提示新型冠状病毒核酸阳性。如果标本无新冠病毒DNA，在反应过程中无法检测出荧光信号，就汇报为阴性结果。