胃癌采用靶向药物进行治疗，可以引起很多种副作用的发生。
比如，如果采用曲妥珠单抗进行靶向治疗，可能会发生输注相关的反应。病人可以表现流感样的症状，可以有寒战和发热的情况。有的病人在用药之后可能会出现过敏的反应，还有的病人可以出现乏力、胸痛、疲劳的症状，有的病人可以有疼痛的表现和黏膜炎的症状，还有些病人在用药之后可以出现皮肤干燥、多汗、斑丘疹、指甲折断和荨麻疹的表现。
而另外一个应用于胃癌的靶向药物主要是阿帕替尼。而阿帕替尼的不良反应可以表现为高血压、蛋白尿、手足综合征、乏力、声音嘶哑，也可以表现为白细胞减少、中性粒细胞减少和血小板的减少。