手指甲发生凹陷，可能是由于以下几方面原因所引起：
第一，可能与缺铁性贫血有关，由于这一原因所引起的指甲凹陷，通常多见于儿童。同时，患者可能伴有头晕、乏力，儿童可能还会有生长发育迟缓以及注意力不集中的表现。
第二，可能与长期参与重体力劳动有关，若人体长期处于重体力的工作，会导致身体负载过大，血液循环相对不通畅，指甲表面可能会呈现凹陷状。
第三，可能与长期接触冷水有关，长期接触冷水会在一定程度上抑制指甲部位的血液循环，久而久之，指甲也可能会变得凹凸不平。