出现指甲盖凹陷，有可能是指甲在发育过程中产生畸形、自身缺乏相关元素、营养不良导致贫血等因素引起。
当自身存在缺铁性贫血，或指甲先天性发育不良等疾病，会导致手指甲盖变薄，引起匙状甲或反甲等症状。当自身存在偏食等不良习惯，日常摄入的微量元素出现缺乏，会引起不同程度地指甲盖凹陷症状。
另外，当手指甲长时间浸泡在水中，会使指甲盖局部出现变软、变薄的现象，局部在受到外力的冲击下，会引起指甲盖凹陷的症状。