巧克力囊肿并不存在自愈的方法。
因为巧克力囊肿本身属于雌激素依赖性疾病，并不会因为自己做什么，就能够改变体内的雌激素水平，就可以改变卵巢巧克力囊肿的状态。育龄期女性只要卵巢还持续存在分泌雌激素的功能，就会有持续的卵巢巧克力囊肿体积增大的可能。
如果检查到卵巢囊肿的体积已经比较大，一般是建议做腹腔镜治疗。否则有可能会因此而发生扭转、破裂或者变性，或者对周围组织压迫等症状出现的可能。有少数体积很小的，可以等到绝经后，自动萎缩。