黑热病需要鉴别的疾病有很多种。
如果出现皮肤黏膜型黑热病，主要与真菌、不典型分枝杆菌感染、梅毒、结核样麻风、寻常型狼疮、皮肤黏膜的恶性肿瘤进行鉴别，鉴别的主要方法是根据病原学检查相鉴别。
内脏型黑热病需要与疟疾、斑疹伤寒、粟粒性结核、血吸虫病、布鲁菌病、组织胞浆病、马尔尼菲青霉菌病以及各种血液系统疾病相鉴别。主要的鉴别点在于曾经有疫区旅居史，出现长期不规则的发热，伴有寒战、肝脾大、进行性贫血、淋巴结肿大及消耗症状等。