慢性结肠炎一般不需要手术。慢性结肠炎一般采用内科保守治疗，如果并发完全性肠梗阻、肠穿孔等，并且内科保守治疗无效，需要手术治疗。
一般的慢性结肠炎调整饮食结构后一般能够恢复。溃疡性结肠炎、克罗恩病等自身免疫相关的结肠炎，一般需要用美沙拉嗪、糖皮质激素或免疫抑制剂治疗，一般经过这些治疗后能明显改善症状，治疗过程中需要定期复查电子结肠镜检查。
溃疡性结肠炎容易并发中毒性巨结肠，如果内科治疗无效，需要外科手术治疗。克罗恩病容易并发肠梗阻、瘘管形成等，如果保守治疗无效，也需要手术治疗。