脚骨头疼，可因外伤、挤伤、砸伤后，造成骨头有挫伤、骨髓水肿，严重时有骨折、关节脱位，从而出现疼痛，伴随着肿胀，活动受限，局部可能有淤血。
脚和足本身发育异常，也可造成骨头疼。像长期穿鞋不合适，造成局部拇外翻，或本身有足弓异常，扁平足、高弓足等，也很容易造成疲劳，从而产生骨头疼痛，伴随着关节韧带挫伤和硬化。
足底筋膜炎也会连带脚骨头疼。长期不良姿势，造成本身足底筋膜出现炎症渗出，也会刺激到骨头骨膜和关节造成疼痛，有感染也会造成骨头疼。
细小伤口造成化脓性感染，以及一些其他疾病，像痛风、尿酸高造成脚部骨头疼，以及风湿、类风湿等急性发作期，引起关节肌肉受到刺激。神经受到刺激后，产生骨头疼的情况，检查清楚以后对症治疗。